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            1号平台下载安装-怎么发掘本年诺奖,发篇15+分的文章

            admin 2019-11-15 250人围观 ,发现0个评论

            解螺旋大众号陪同你科研的第2009天

            这次咱们来亮点高档货

            本年的诺贝尔奖现已揭晓了一阵子,生理学或医学奖颁给了三位科学家以赞誉他们在“发现细胞怎么感知和习惯氧气供给”方面所做出的奉献。感谢这些尖端科学家们为人类探究生命的奥妙所迈出的“一小步”。

            可是作为一枚还在努力学习的青年科研工作者,咱们能够向长辈们学习要探究星斗大海的精力,也能够站在他们的膀子上,做出有咱们自己特征的科学研讨。本年给咱们介绍的便是这么一篇文章。

            这篇文章的主题是缺氧,究竟肿瘤成长十分敏捷,微环境里十分容易发作缺氧,肿瘤需求习惯这种特别的氧气供给状况,而缺氧又和搬运、抗药等等密切相关,尽管如此但现在咱们关于在各个层面上与缺氧相关的改变仍然知之甚少,也短少一些相关的biomaker。

            文章于本年宣布在 Nature metabolism,这个杂志现在还没有影响因子,但从杂志定位来看,保存估量至少是15分以上,究竟是要和Cell旗下的Cell metabolism这款20多分的杂志正面刚的!接下来我来给咱们简略介绍下文章的主要内容。

            为了评价肿瘤安排的缺氧状况,作者将15个基因作为一个gene set,用GSVA的办法核算每个样本的score,用这个score作为signature,由于最近的研讨以为用着15个基因作为缺氧signature是“the best performer”。作者先是在细胞系的数据里,发现缺氧条件下,hypoxia score会显着高一些,验证了signature的合理性。

            然后用propensity score algorithm的办法消除了一些潜在要素的影响,包含性别、年纪、分期等等。一起作者也将自己的signature和别的两个缺氧signature进行了相关性剖析,相关性很强,阐明自己的signature是真的强!

            然后作者用将每种肿瘤中的一切样本依据hypoxia score分为高、中、低三组,而且计算查验成果显现score-high的一组的score会明显高于score-low的一组。

            生计剖析的成果显现hypoxia score与生计密切相关,score高的患者预后都比较差,这也从旁边面阐明晰模型的有效性,具有潜在的prognostic power。

            为了进一步研讨缺氧状况影响了哪些分子特征发作明显地改变,作者从6个维度进行了剖析:mRNA、miR1号平台下载安装-怎么发掘本年诺奖,发篇15+分的文章NA、protein、甲基化、骤变和SCNA(体细胞拷贝数变异)。并将成果进1号平台下载安装-怎么发掘本年诺奖,发篇15+分的文章行了计算。

            为了研讨缺氧对药物反响的潜在影响,作者将1060个至少在9个肿瘤里呈现了至少一次的缺氧相关基因(便是上图中的基因)在GDSC数据库中进行相关性剖析,找到了143个至少与3种抗癌药物相关的基因,并展现了这些药物能靶向的通路。

            然后作者研讨了缺氧对mRNA、miRNA、蛋白和DNA甲基化的影响。剖析了miRNA在一切肿瘤中的差异状况的一起,核算了miRNA对药物反响的相关性,也将有差异的miRNA与其所靶向的通路进行了一个网络剖析。

            剖析了在hypoxia score凹凸两组中有差异的蛋白或蛋白磷酸化位点与药物灵敏性进行了剖析

            作者还对mRNA表达、甲基化所富集的通路,及其之间的一致性进行了剖析

            随后,文章作者以食管癌(ESCA)为例,他们发现了61个在score-high样本中发作高表达的基因,这些基因都有高甲基化特征且被91号平台下载安装-怎么发掘本年诺奖,发篇15+分的文章个miRNA调理。但是发现一个对立,基因表达和甲基化与药物反响居然是个相反的特征。基因表达的成果显现对这些药物比较灵敏,而基因甲基化的成果显现对药物1号平台下载安装-怎么发掘本年诺奖,发篇15+分的文章反抗。

            随后作者以EGFR为例,进行了举例阐明,几种药物与mRNA的联络都是Drug-sensitive,但与miRNA和DNA甲基化的联络却是Drug-resistant。

            接下来的部分,作者剖析了hypoxia score高or低的样本中基因骤变频率的差异,并以TP53为例,剖析了乳腺癌BRCA和肺腺癌LUAD中TP53基因的骤变频率差异。别的还比较了TP53骤变状况对缺氧靶向药物反响的影响。

            一起作者也剖析了缺氧状况跟CNV和药物的联络。

            在最终一张很酷炫的图中,作者展现了clinically actionable genes在mRNA,protein,DNA methylation,骤变和SCNA的改变与hypoxia score的联络,在图的右边则是clinically actionable genes与药物的联络。

            文章最终,作者用细胞试验验证了缺氧的确会影响不同药物的灵敏性。

            这篇文章的介绍就到这儿了,有爱好的各位看官能够把原文弄过来学习!笔者这种日常从事数据发掘的民工表明尽管看完了几遍,了解了基本内容,但仍然没能彻底驾御这篇文章,还需求继续精读学习。这篇文章值得学习的不仅仅是作图的一些套路,这些都是皮裘,更重要的是内涵逻辑,以及对详细科学问题的了解和考虑。

            看到这儿,感谢你的耐性,但请记住未完待续哦,换个时刻咱们再来看看别的一篇文章怎么发掘本年的诺奖主题!

            最终祝咱们都能有所收成拔丝红薯的做法!

            科研套路不嫌多,数据发掘发3分

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